La Cofradía dispone en la actualidad de dos estandartes; el primero y mas antiguo, data de 1.956 y es obra de D. Victorino Aranda conocido profesor de esta Ciudad. Este estandarte es de una pieza de raso granate de 1,30 x 85 cm. Su anverso está formado por una columna de color imitación mármol con dos látigos cruzados a su espalda flanqueada por adornos en sus extremos y al reverso esta inscripción: «COFRADÍA DE NTRO. PADRE JESÚS DE LA FLAGELACIÓN-AÑO 1956, todo ello pintado a mano.
El segundo y más moderno es fruto de una donación realizada por un cofrade y está bordado artesanalmente a mano con hilo de oro sobre seda natural de color rojo sangre. Fué confeccionado el año 2.008 procesionando por primera vez el Domingo de Ramos del año 2.009. Este estandarte mantiene las mismas medidas y caracteristicas del antiguo, aunque varia la parte inferior que está terminada en tres picos. El anverso consta de una columna con dos latigos cruzados a su espalda flaqueados en sus cuatro extremos con adornos florales y en el pico central inferior una corona de espinas con tres clavos y al reverso la misma inscripción que el antiguo. 
La Cofradía dispone también de un guión para la banda de tambores y bombos en el que se añadió las cintas conmemorativas de los Hermanamientos con la Cofradía de Jesús Atado a la Columna de Villamayor (Zaragoza) asi como de la Cofradía de Nuestro Señor en la Oración del Huerto de Tarazona.
